研究方向:

根据高通量测序结果,利用生物信息学方法大规模挖掘真核生物顺式作用元件(cis-acting element)。真核生物增强子是主要的长程调控元件,参与众多基因差异化表达调控过程,是生物学的主要热点研究领域之一。
真核生物核小体结构特征挖掘及其与基因表达调控关联性分析。核小体是染色体的基本结构单位,,其排布和丰度对染色质结构有决定性影响,并与基因表达调控密切相关。我们的工作提出了一种新的核小体排布规律,并进一步揭示了核小体规律性排布与基因表达水平的正相关关系.
云计算及虚拟化在高通量测序数据挖掘中的应用。随着近年来高通量测序技术的迅猛发展,生命科学数据(特别是基因组数据)的累积已呈现爆发式的增长,针对三代基因组测序海量数据的存储、分析、挖掘能力的需求快速增长。我们利用本地虚拟化集群与云计算、云存储相结合的办法有效的提高了高通量测序数据的处理效率,提供了可及时、高效、经济处理高通量测序的技术平台。

会议/组会安排

报告题目: Programmable base editing of A•T to G•C in genomic DNA without DNA cleavage
报告人: 鲍宇
时间: 2017年11月22日中午12点40分
地点: 7号楼417

Abstract:

The spontaneous deamination of cytosine is a major source of transitions from C•G to T•A base pairs, which account for half of known pathogenic point mutations in humans. The ability to efficiently convert targeted A•T base pairs to G•C could therefore advance the study and treatment of genetic diseases. The deamination of adenine yields inosine, which is treated as guanine by polymerases, but no enzymes are known to deaminate adenine in DNA. Here we describe adenine base editors (ABEs) that mediate the conversion of A•T to G•C in genomic DNA. We evolved a transfer RNA adenosine deaminase to operate on DNA when fused to a catalytically impaired CRISPR–Cas9 mutant. Extensive directed evolution and protein engineering resulted in seventh-generation ABEs that convert targeted A•T base pairs efficiently to G•C (approximately 50% efficiency in human cells) with high product purity (typically at least 99.9%) and low rates of indels (typically no more than 0.1%). ABEs introduce point mutations more efficiently and cleanly, and with less off-target genome modification, than a current Cas9 nuclease-based method, and can install disease-correcting or disease-suppressing mutations in human cells. Together with previous base editors, ABEs enable the direct, programmable introduction of all four transition mutations without double-stranded DNA cleavage.

张韬
教授

张韬扬州大学教授、江苏特聘教授、江苏省“双创计划”双创团队领军人才。曾在美国威斯康辛大学麦迪逊分校开展研究工作, 先后任实习研究员,博士后等职。主要从事生物信息学、表观遗传学及基因组学的研究工作。 主要研究成果先后发表在《PNAS》《Plant Cell》《Nucleic Acids Research》 《Plant Physiology》等期刊上。

合作单位

本实验室与海内外知名大学及研究所建立了长期的友好的合作关系。

  • 密歇根州立大学蒋继明实验室

    全面合作开展植物表观遗传学、基因组学及细胞遗传学的研究工作。

  • 中国农业大学金危危实验室

    合作开展玉米农艺性状相关基因及基因组学的研究工作。

  • 电子科技大学张勇实验室

    合作开展植物表观遗传学及基因编辑技术的研究工作。

  • 马里兰大学戚益平实验室

    合作开展植物表观遗传学及基因编辑技术的研究工作。

欢迎加入本实验室

诚聘副教授、讲师、师资博士后、博士后及工作人员,欢迎报考本实验室博士、硕士研究生。